Allée de Fontenay
Lyon
69000
France
<eric.lejan(at)ens-lyon.fr>
Allée de Fontenay
Lyon
69000
France
<carole.larose(at)ens-lyon.fr>
Copyright © 2019 Eric Le Jan
Ce livrer est mis à disposition selon les termes de la Licence Creative Commons Attribution - Pas d’Utilisation Commerciale - Partage dans les mêmes conditions 4.0 International
AbstractCet article a pour but de vous permettre d'exploiter le logiciel SIG (Système d'Information Géoscientifique" QGIS. Les sites DRIAS et SYNOP de Météo-France livrent dans le cadre de l'OpenData de nombreuses données qui concernent les modèles climatiques et la météorologie. Les données sont libres d'accès pour SYNOP, et concernent un échantillon de stations Métropolitaines et outre-marines. En revanche l'accès aux données DRIAS impose la création d'un compte qui doit reposer sur nos adresses académiques.Une fois le compte validé il est possible de télécharger des données entre 1950 et 2000 années support d'une simulation dite de référence ou bien des simulations à court, moyen ou long terme.
Tout au long de la formation nous allons travailler dans un projet. Il faut absolument que vous ayez un dossier repéré comme celui qui contiendra toutes les couches que vous aurez assemblées.
Le transfert sur une autre machine de ce dossier vous assurera la possibilité d'affichage de votre projet. Si vos couches sont distribuées à des endroits différents, lors du transfert du projet vous risquer de ne pas pouvoir tout afficher.
Le logiciel s'installe avec des extensions imposées par les développeurs. Elles ne sont en revanche pas suffisantes pour réaliser certaines opérations sur les couches.
Le logiciel QGIS est OpenSource. Il est raisonnable d'envisager de contribuer au projet afin de permettre le développement futur des extensions encore manquantes dans cette version 3.4.6 dite stable.
La version 3.6.1 est plus riche en fonctionnalités mais elle est susceptible de renfermer plus de " bugs ". Dans l'établissment il est donc raisonnable d'opter pour la version stable. Sur les machines persos la dernière version est préférable.
Si comme dans mon contexte professionnel vous disposez de système d'exploitation plus anciens, pensez à utiliser l'onglet "Toutes versions" pour télécharger celle qui est compatible avec vos équipements.
Dans ce livret les captures d'écran et les extensions illustrées le seront pour la version 3.6.1.
L'installation est différente pour MacOS Windows et Linux, mais en lisant les explications fournies dans les documents "à lire" elle se passe sans encombre.
Lors du premier lancement QGIS détecte les préférences des versions précédentes installées sur la machine. Il est essentiel d'indiquer auxversions 3.4 ou 3.6 de ne pas charger les préférences de QGIS 2.18 ou antérieures.
Cette précaution évite les mauvaises surprises, notamment au sujet des extensions devenues obsolètes.
L'ajout des extensions est réalisée à partir d'un catalogue qui est disponible dès le lancement de QGIS est qui s'atteint par le menu "extensions / Installer Gérer les extensions" .
L'ajout d'extensions se fait en utilisant l'autocomplétion. Voici quelques unes des extensions qui sont nécessaires pour fonctionner de façon confortable avec nos élèves :
Geocoding : une extension pour trouver des lieux définis par leur adresse.
MMQGIS : un ensemble d'outils pour exploiter les données de la table d'attributs
Qgis2web : export du projet vers des cartes aux format leaflet ou html
Street View : Affiche le point sélectionné dans le contexte street view s'il existe.
Go2streetview : affichage du contexte dans le projet
Time Manager : Permet de faire défiler des couches en fonction de leur date (pollens par exemple par mois sur un département)
XY Tools : Importer des données depuis une feuille excel contenant un colonne longitude et une colonne latitude.
Contours : application qui permet de transformer une couche points en des couches de polygones ou de lignes iso-paramètre.
QGIS Cloud : extension permettant de créer un espace sur le cloud où afficher gratuitement un projet (50 Mo Max)
La création d'un nouveau projet déclenche l'apparition d'un ensemble de trois fenêtres, l'accès au couches du projet (vide à l'ouverture), l'accès au navigateur de fichiers (arborescence de la machine locale), la fenêtre d'affichage des couches.
Le contexte est accessible via la couche OpenStreetMap. Depuis que Google est passé en mode "payant" pour les couches "Google Sattelite", "Google Street Map" et "Google physical" c'est la seule couche proposée par QGIS. Dans sa verson 3.4 ou 3.6 l'accès est disponible par l'explorateur de données.
Une fois le fond en place il est prudent de structurer le projet. Pour la formation 2019 nous avons choisi de créer 3 groupes :
Un groupe pour SYNOP et les couches météo du jour du relevé
Un groupe pour DRIAS et les couches obtenues pour les RCP 2_5, 4_5 et 8_5
Un groupe pour les couches de données administratives subdivisé en groupes cohérents par rapport aux différentes échelles administratives.
Accès aux données de la formation FormaterreRouen2019 :
- Téléchargement des couches du projet : lien
L'accès à l'arborescence du projet passe par l'explorateur intégré à QGIS. On accède aux couches rangées sur le disque dur mais aussi aux serveurs WMS, WCS, WFS renseignés lors des opérations d'ajout de serveurs.
Pour plus de lisibilité il est aussi possible d'agencer les couches dans des dossiers dont les noms évoquent ceux des groupes du projet.
Enfin, lors de la publication du projet sur le serveur ENS-IFE, le chemin de mise à disposition des couches est contraint. Il est donc prudent de ranger ses projets dans une arborescence qui corresponde à celle du serveur distant. Pour ce qui est de notre serveur voici donc le chemin retenu :
/opt/geoserver/nomduprojet/projet.qgs
Ce chapitre a pour objectif un bref rappel des différents formats de couches susceptibles d'être affichées dans un SIG.
Deux familles d'objet cohabitent dans un projet, les objet "vecteurs" et les objets "raster". La cohabitation ne peut être opérationnelle que si les projections des deux familles sont les mêmes.
Les objets vecteurs sont des images dont tous les éléments ont une relation de position relative entre eux. On a donc une couche "géoréférencée" en chacun de ses points, lignes ou polygones. Elle possède en plus une table d'attributs qui permettent de stocker de très nombreuses informations relatives à chaque point chaque ligne ou chaque polygone. Des opérations sont possibles sur les items présents dans un ou plusieurs "champs" de la table d'attributs.
Les objets raster sont des images dont les pixels sont "répartis" sur une surface géoréférencée selon une projection donnée. On peut imaginer que c'est une image déposée sur le une surface géoréférencée et étirées entre des points dont le géoréférencement a été réalisé "pixel" par "pixel". En principe il suffit de 4 points situées aux angles de l'image et d'un point central. Cependant en augmentant le nombre de points de référence on améliore la précision de la disposition de l'image sur l'espace géoréférencé. Les informations contenues dans un raster concerne les pixels et donc le plus souvent une définition de sa couleur.
Une couche vecteur peut avoir de très nombreux formats, QGIS les gèrent tous. En ce qui nous concerne nous ne traiterons que les couches Shapefile, ".shp" dont le format est la propriété de ESRI, mais qui fait office de standard pour les données publiées en lignes. Une couche est constituée d'un ensemble de fichiers, inséparables les uns des autres :
departements.dbf : fichier de format "tableau" qui renferme les données attributaires de chaque élément de la couche.
departement.shx : contient les données de l'index géométrique
departement.prj : contient les données concernant le système de coordonnées de la couche (exclusivement ceux utilisés par ESRI)
departement.cpg : permet de connaitre le jeu de caractères à utiliser pour lire la couche
departement.qpj : contient les données concernant toutes les données relatives aux systèmes de coordonnées disponibles pour la couche.
departement.shp : contient les entités géographiques (fichier de forme proprement dit)
Le format TAB est parfois proposé sur certains serveurs (DREAL) il est issu du logiciel propriétaire Mapinfo.
Les couches RASTER sont des images que l'on doit géoréférencer avant de pouvoir les afficher dans QGIS. c'est l'extension "georeferencer" qui assure cette tâche. Cette vidéo vous décrit les étapes de ce géoréférencement. Elle reste valable même après le passage à QGIS 3.4.
L'interêt de géoréférencer le fond d'une zone d'étude est la possibilité de visualier l'information même quand le serveur distant qui livre la couche n'est pas disponible.
QGIS permet de charger des couches raster ou vecteur depuis les serveurs OGC (Open Geospatial Consortium). Il s'agit de webservices qui sont mis à disposition le plus souvent dans le cadre de l'OpenData.
Un service WMS livre une image de la carte.
Un service WFS livre une couche avec un accès à sa table d'attribut
Un service WCS livre une image de "couverture" comme openstreetmap par exemple.
Pour renseigner un service il faut l'ajouter dans QGIS en respectant le format source.
Dans QGIS une fois un serveur renseigné il reste accessible pour de futur projets. L'utilisation de l'explorateur de données intégré à l'affichage du projet permet un accès très rapide aux couches disponibles.
Les projets peuvent être publiés sur des serveurs distants. Le Serveur de QGIS (QGIS Cloud) autorise chaque utilisateur, une fois son compte créé à produire un projet en ligne. La seule limite est le poids du projet qui ne peut pas dépasser 50 Mo.
Accès au cloud QGIS : lien
Le Projet Tremplin met à disposition un serveur de cartes hébergé sur les serveurs de l'ENS de Lyon. lien
Pour publier vos projets sur ce site il vous faudra un compte que vous obtiendrez auprès du chef de projet Gérard Vidal. Les modalités de préparation des projets et celles de la publication feront l'objet d'un autre livret crossmedia.
Accès aux données de la formation FormaterreRouen2019 :
Téléchargement des couches du projet : lien
Le principe de notre atelier est d'afficher le relevé météologique du jour et de faire le lien avec le bulletin météo le plus récent diffusé lors d'un journal télévisé.
Il s'agit maintenant d'aller sur le site SYNOP et de récupérer les données. Dans le fichier de nombreux attributs sont présents. Le document téléchargeable par ce lien explicite les entêtes des attributs du fichiers
Une fois le fichier csv téléchargé il faut le déplacer dans le dossier du projet QGIS.
Vous disposez dans le projet d'une couche "stations essentielles France". Cette couche a été fabriquée à partir des données fournies par ce site Elle contient les stations métropolitaines et outre marines. Le champ ID est un champ nombre entier".
Nous allons donc ajouter dans cette couche de référence les données du jour contenues dans le csv téléchargé. Il faut donc que le champ "numer_sta" qui correspond au champ "ID" de la couche vecteur soit aussi un champ nombre entier. Malheureusement les stations métropolitaines sont renseignées avec un format "07005" ce qui est interprété comme une chaine de caractère par QGIS.
Pour que la colonne numer_sta (Numero de la station) du fichier téléchargé soit au bon format (nombre entier) il suffit de le charger dans QGIS comme une table sans projection puis de le rexporter au format .csv. Le champ numer_sta sera alors au bon format. Il ne faut pas perdre de vue que le produit de l'exportation est toujours un fichier texte dans lequel on a pas de données de géoréférencement.
On peut vérifier que l'opération à fonctionné en ouvrant la table d'attribut, la colonne numer_sta est corrigée il n'y a plus de 0 devant les nombres.
Il reste à exporter au format csv et à renommer le fichier pour le différencier de l'original.
On passe à l'étape suivante qui consiste à joindre les éléments du csv avec la couche des stations essentielles de Météo-France.
On importe le fichier créé comme une couche vecteur. Ceci va nous permettre de récupérer les attributs et de les joindre à la couche des stations.
Pour éviter de perdre l'original de la couche "stations essentielles Météo-France" on duplique la couche puis on l'enregistre sous le nom TempDuJour.shp en vérifiant la projection (WGS84 / pseudo mercator)
Il ne reste plus qu'à joindre cette couche avec la table en utilisant le champ numer_sta comme jointure. Il est aussi possible de n'importer que les champs nécessaires, pour nous la température, la pression au niveau de la mer, la pression à la station, le numero de la station et la date.
On applique la jointure à la couche cible et on ferme le popup. On va maintenant pouvoir créer le champ "Temp°C" pour pouvoir disposer d'un relevé lisible facilement.
On ouvre la table d'attributs et on crée le champ "Temp°C" avec la valeur "Nombre décimal" d'une longueur de 6 et d'un précision de 2.
On utilise le menu "champs et valeurs" pour sélectionner en double cliquant le champ 't'. Il reste ensuite à placer l'opérateur "-" et à retrancher 273.15 valeur en Kelvin du 0° C. La première valeur du nouveau champ s'affiche, il reste à valider avec "ok".
On peut maintenant revenir sur les propriétés de la couche et choisir un style. Dans les données vous disposez du style "Temperature.qml" que vous allez charger, puis appliquer à la couche en veillant à inverser la gamme de couleurs et à reclasser les valeurs. Vous appliquez avec "ok" et cela vous affichera les températures du jour et à l'heure choisis.
Pour pouvoir aller au delà et créer les isothermes et les polygones isothermes il faut réduire la couche aux stations de la métropole.
On commence par créer une couche limitée aux stations de la métropole. Cela se réalise en sélectionnant l'emprise concernée. Les stations s'affichent en inverse video "jaune".
On peut donc exporter les entités sélectionnées sous un nouveau nom de fichier. Par exemple "TempDuJourMetropole.shp"
La couche ainsi créée est maintenant disponible pour la suite de l'exploitation des données.
C'est l'extension "contours", présente dans le menu vecteur, qui permet de créer deux couches qui rapprochent la présentation d'un bulletin météo.
On va donc créer deux couches temporaires qui seront ensuites enregistrées dans le dossier du projet puis affichées avec un style cohérent avec celui de la couche "points".
On a donc produit une carte météo qui mériterait d'être étirée ou raccourcie pour suivre les contours des côtes, mais cela prend du temps et n'est pas réellement un objectif pour cette formation.
Nous allons maintenant passer de la météo au climat et aborder ce qu'il est possible de faire découvrir à nos élèves grâce au site DRIAS.
La création de ce compte est à réaliser directement sur le site DRIAS. L'illustration ci-desssous montre comment l'inscription se met en place.
Cette inscription vous permetttra de récupérer des données. En revanche pour la consultation du site par les élèves nul besoin de les inscrire.
Pour accéder à la page de création du compte, suivez ce lien.
Utilisez une adresse mail professionnelle pour être sûr de pouvoir récupérer votre confirmation d'inscription.
Les données climatiques sont des données calculées par des modèles. Cela les range donc dans un domaine tout à fait éloigné des données météorologiques qui sont elles issues de capteurs disposés dans l'environnement.
L'un de nos rôles auprès de nos élèves sur ces sujets est de leur faire percevoir la différence de concept que cette différence recouvre.
Drias est un site crée en partenariat Météo-France et les laboratoires de modélisation du climat. Il propose trois espaces : un espace de découverte qui présente des cartes en deux parcours, un parcours d’initiation et un parcours expert, un espace d'accompagnement avec un apport de connaissances, un espace données et produits où sont téléchargeables les données.
Si vous ne l'avez pas déjà rejoint plus haut, cliquez sur ce lien pour vous y rendre.
Les différents modèles reposent sur des Scénarios RCP les anciens scénarios SRES ne sont plus utilisés.
Les scientifiques ont défini des profils représentatifs d’évolution de concentration de gaz à effet de serre, d'ozone et de précurseurs des aérosols représentatives d’un accroissement du bilan énergétique: les RCP (Representative concentration pathways).
À partir de ces profils de référence, les équipes travaillent simultanément et en parallèle: les climatologues produisent des projections climatiques utilisant les RCP comme entrée, tandis que les sociologues et les économistes élaborent des scénarios débouchant, en sortie sur des émissions de gaz à effet de serre cohérents avec les RCP exprimé en W/m2, un forçage radiatif est un changement du bilan radiatif (différence entre le rayonnement entrant et le rayonnement sortant) au sommet de la troposphère (situé entre 10 et 16 km d’altitude), dû à un changement d’un des facteurs d’évolution du climat – comme la concentration des gaz à effet de serre.
Ces scénarios climatiques permettent de proposer une évolution de la température moyenne sur Terre sur des horizons proche et lointain.
L'augmentation de température dans un futur est un fait étayé par les modèles et admis comme avéré par la communauté scientifique, les enjeux seront maintenant liés à l'adaptation des hommes face à cette augmentation et aux efforts d'atténuation que les politiques des états peuvent imposer.
Il existe des modèles climatiques globaux, à résolution variable (renforcement de la résolution dans une zone précise), régionaux seulement en Europe par exemple et offre donc une grande résolution spatiale permettant une meilleure représentation du climat local et enfin les modèles hydrométéorologiques qui étudient principalement les paramètres hydrologiques de surface.
Pour un paramètre donné, les moyennes données par le modèle de référence sont assez proches de la moyenne des mesures. En revanche, pour les extrêmes, le modèle sous-estime les températures les faibles et sur-estime très légèrement les températures les plus fortes. Il est donc nécessaire dans certains cas de corriger certaines variables. La méthode de correction utilisée appelée quantile/quantile n'est pas linéaire.
Pour plus d'informationsce lien.
Les incertitudes sont nombreuses dans les modèles climatiques. Elles sont de trois ordres:
la variabilité naturelle, les incertitudes scientifiques et techniques, les incertitudes socio-économiques. Une petite vidéo illustre de façon simple ici ces trois incertitudes.
La modélisation climatique revêt donc un caractère probabiliste.
Dans le site Drias, dans l'espace découverte et parcours d'initiation vous avez accès directement à des cartes simplifiées pour un paramètre donné (par exemple la température) pour les différents scénarios et les horizons. Ces cartes peuvent s'exporter au format .pdf . Le parcours expert procure également des carte mais vous offre de multiples choix possibles pour les paramètres , le pas de temps....
La mise en place des données obéit à plusieurs objectifs :
Ce sont les modèles RCP ( Representative Concentration Pathways ) qui sont utilisés depuis le 5eme rapport du GIEC. Cette page donne une description de ces modèles et de leur contexte d'utilisation. Parmi les données disponibles nous utilisons les données corrigées des simulations CNRM2014 (Centre National de Recherche Météorologique - 2014)).
Nous vous avons préparé deux couches correspondant aux données fournies par le modèle entre 2006 et 2036 pour les deux scenario RCP2.6 et RCP4.5. Afin que la couche reste raisonnable en terme de nombre d'attributs présents nous avons choisi de nous limiter au mois d'avril. Toujours dans un soucis de volume raisonnable nous avons choisi les points qui occupent les départements de Seine Maritime et de l'Eure. Cela représente déjà un lot de 189 points de grille.
L'atelier doit vous permettre de comprendre comment vous pourrez traiter les données en fonction de vos besoins. Pour que nous puissions aller au bout du traitement nous vous recommandons de prendre une douzaine de points autour de la ville de Rouen ou de votre ville de Résidence.
Au delà de la sélection des points il faut commencer par choisir les paramètres que nous allons traiter. Loggez vous sur le site DRIAS et allez dans l'onglet des données.
Vous allez prélever 3 jeux de données, celle du RCP2.6 RCP4.5 et RCP8.5.
L'illustration ci-dessous devrait vous aider à bien choisir tous les éléments nécessaires et les formats ad hoc .
Il faut maintenant récupérer le zip des trois données qui a été placé dans votre dossier de téléchargement. Placez les .zip dans le dossier de votre projet dans un dossier "CRMN2014" par exemple.
Nous allons maintenant pouvoir transformer le zip en couche shapefile.
Contrairement à la donnée de SYNOP on dispose pour nos douze points de leur longitude et de leur latitude. Il est donc possible de créer directement une couche. Une précaution s'impose bien choisir la projection, qui sera ici le WGS84 tout court. Il nous faudra donc reprojeter les couches.
Les trois couches peuvent être importées à la suite car l'outil d'importation reste bien paramétré.
La donnée est aussi fournie sans entête pour les attributs, Il faut donc "refactoriser les trois couches". Enfin pour chacune des couches nous ajouterons deux champs qui nous permettront de saisir pour chaque point les températures moyennes Min et Max pour Avril sur 30 ans.
Pour refactoriser il faut ouvrir la boite à outil et choisir dans les éléments disponibles pour QGIS "outils de table d'un vecteur" et sélectionner "refactoriser les champs"
La couche créée est ajoutée au projet sous l'appellation "refactorisée" . Il reste à l'exporter au format ESRI, à la nommer en parcourant l'arborescence, sans oublier de lui affecter la projection WGS84 / Pseudo Mercator.
Pour ajouter les champs "TempMoyMin" et "TempMoyMax" nous allons utiliser la calculette de champs. Nous ajoutons ces champs en les laissant vides pour l'instant car nous ne pourront lancer le calcul que lorsque les cartes seront scindées par point.
On commence par demander l'affichage de la la table d'attribut,
L'illustration ci-dessous vous montre comment créer le premier champ "TempMoyMin".
Il suffit de renouveler l'opération pour créer le champ "TempMoyMax" et de sauvegarder la table d'attribut en cliquant sur le petit bouton crayon et en demandant "SAVE".
Passons maintenant à la gestion des couches.
Ce découpage va permettre de calculer les deux valeurs "TempMoyMin" et "TempMoyMax" pour la durée 2006_2036 pour chacun des points.
On utilise pour y parvenir l'onglet "vecteur" et les outils de gestion de données puis l'outil "séparer une couche vecteur"
Dans la version 3.6 de QGIS l'export est réalisé au format gpkg cela ne gène en rien l'importation des couches dans le projet.
Il faut maintenant traiter chaque point. Cette étape doit pouvoir être automatisée en créant un script python, mais je n'ai pas encore réussi à le faire. Il faut donc importer les points dans un groupe dans le projet et mettre à jour les deux champs créés à l'étape précédente.
Pour importer les couches, créez un "groupe" dans le projet dans le groupe "DRIAS". Vous pouvez le nommer "points Rouen" par exemple.
Une fois cela fait sélectionnez les 12 points obtenus pour un RCP et ajoutez-les au projet.
Pour chacun d'eux ouvrez la table d'attribut et mettez à jour les champs "TempMoyMin" et "TempMoyMax" au moyen des deux formules :
sum("TempMin")/count("TempMin")
sum("TempMax")/count("TempMax")
Une fois les deux premiers champs mis à jour les formules seront accessibles dans le registre "récents"
Après la mise à jour des champs pour les 12 points il reste à fusionner les couches points pour pouvoir traiter la couche comme vu ce matin avec la donnée SYNOP.
La fusion des points va générer une couche que nous pourrons traiter sur les champs MoyTempMin et MoyTempMax. On aura ainsi une couche qui affichera le résultat du RCP2_6 sur les 31 années 2006_2036 pour le mois d'avril.
Il suffira d'itérer les étapes 12.2 12.3 et 12.4 sur les données RCP4_5 et RCP8_5 pour pouvoir comparer les résultats des trois scenarios.
Une fois cette fusion réalisée il ne reste plus qu'à traiter les informations.
Dans le cadre des couches traitées nous ne disposons que de 12 points et pour chacun d'entre eux la valeur des champs "MoyTempMin" et MoyTempMax" sont uniques.
On va donc travailler sur la couche en la classant sur le champ MoyTempMin.
Trois styles ont été préparés. Chacun s'applique à un type de couche :
StyleCNRM2014iPlages.qml : pour les polygones
StyleCNRM2014isothermes.qml : pour les courbes isothermes
StyleCoucheMoyTempMin.qml : pour la couche point
Pour bien appliquer le style il faut penser pour chaque couche à "supprimer" le classement qui apparait. En effet il concerne la dernière couche sur laquelle le style a été appliqué et pas la couche qui nous occupe.
Peu de conclusions pour ces douze points, mais les couches pour la Seine Maritime nous permettrons de revenir sur les conditions de l'utilisation des données de DRIAS.
Nous avons pu au cours de cette journée balayer quelques éléments qui doivent vous permettre de vous servir de QGIS de façon autonome.
Vous pouvez consulter ce site pour approfondir.