Biodiversité en ville … Le retour: Exploitation du jardinet de la rue Saint Lô

Sylvain Petit

Académie de Normandie


                        22 rue Saint Lô
                        Rouen 76000
                        France
                    

Eric Le Jan

IFÉ ENS de Lyon


                        Allée de Fontenay
                        Lyon
                        69000
                        France

Carole Larose

IFÉ ENS de Lyon


                        Allée de Fontenay
                        Lyon
                        69000
                        France
                    

Publié par

Gérard Vidal

Directeur de la publication
IFÉ ENS de Lyon
Résumé

Ce livret a pour but de vous permettre de retrouver les éléments de la foramtion du 23 Mars 2023. Il contient les éléments vus en formation à propos de l'exploitation des possibilités du site GRAASP.org et du logiciel QGIS. Il se compose de quelques illustrations et de liens vers les ressources exploitées pendant la formation.


Table des matières
Liste des illustrations
Liste des vidéos
Liste des tableaux

Chapitre 1. Introduction :

Le programme de la formation est conçu autour d'une visite de l'ensemble des sites de l'établissement mis en œuvre dans le projet.

L'utilisation des iPad mis à disposition des collégiens et de l'ENT mis à disposition des lycéens est abordée. Une activité structurée accessible sur ce lien permet de mettre à disposition les contenus de la formation. L'utilisation d'un pseudo permet un respect du RGPD dans le cadre de nos cours.

L'utilisation du logiciel QGIS pour produire des cartes géoréférencées des espaces aménagés en vue du suivi de la biodiversité ainsi que leur exportation au format html pour un affichage sur les sites statiques académiques est présentée à partir un "projet SIG" téléchargeable ici. ou affichable dans cette page.

Chapitre 2. Le Jardinet : une mosaïque de milieux.

Les illustrations de ce chapitre montrent l'évolution du jardnet entre 2009 et 2022. On peut constater que les réaménagements ont permis de structurer l'espace et d'isoler le Jardinet de la vue directe depuis la rue Saint Lô.

Les vue depuis l'Est et l'Ouest permettent de percevoir l'agencement des espaces.

Une vue satellite du jardinet (2018)

Sur cette vue google Earth en Avril 2018, on perçoit l'étendue du jardinet. On distingue aussi les massifs d'arbustes et surtout au centre l'emprise du frêne d'Australie devenu "Arbre de première grandeur" couvrant un bon quart du Jardinet. À l'Est on voit le massif d'Aucuba qui lui aussi était devenu très présent. Les Ifs ont été taillés sur le sommet la teinte brunâtre du feuillage témoigne d'une difficulté à reprendre de ces deux arbres.

Figure 2.1. Vue dans Google Earth 2018
Une vue dans Google earth du Jardinet

Une chronologie de l'évolution vue par google street.

Google street offre la possibilité de remonter le temps. Pour le jardinet les premières interventions des services du Conseil Général et des enseignants du Collège et du Lycée ont débuté en 2008. C'est alors Mme François Broussier qui a commencé avec ses élèves à replanter quelques parcelles du Jardinet. M Alain Mottet avait réalisé un inventaire floristique des espaces (le site Picassa n'est palus accessible) qui dénombrait un peu plus de 70 espèces.

Figure 2.2. Évolution du jardinet entre 2009 et 2022

Cette video évoque les modifications des espaces et leur enchaînement

Nous avons besoin d'une image de "poster" pour qu'elle soit mise en place lors des exports vers le xhtml. Elle permet aussi, pour l'export pdf, d'illustrer le lien qui conduit à la vidéo en ligne.

Poster de la vidéo des états google street du jardinet

Remarque : pour l'export pdf de cette publication ce lien vers le media permet de jouer la vidéo si le pdf est ouvert dans un navigateur.

Les espaces réaménagés du jardinet

L'aménagement à été conduit de 2020 à 2023 après l'arrivée d'une nouvelle Prncipale adjointe. Il a fallut dans un premier temps reprendre la main sur la surface qui avait été couverte d'une couche epaisse de fragments d'écorces de Pin. Cette étape a été suivie de la mise en place de zones de 1 m² couvertes par un maillage en cisal afin de repérer la reprise de la végétation et de tenter un inventaire floristique.

Un composteur a été mis en place et des sentiers d'accès aménagés pour que les occupants des logements de fonction disposent d'un point de recyclage des déchets organiques et que nous disposions d'un lieu de dépôt des produits de tonte et de désherbage.

Dans un second temps nous avons mis en place deux buttes de permaculture afin de recycler les branches basses des deux Ifs ( Taxus baccata ) et de permettre aux germinations conduites par les élèves de sixième de trouver un lieu propice à leur développement.

Deux espaces ont été dégagés pour accueillir des arbres fruitiers, 2 poiriers deux pommiers et un prunier "basse tige".

Le Frêne d'Austalie a été coupé afin de disposer d'un espace pour mettre en place une clef de permaculture, là encore pour que les élèves disposent d'un lieu de culture et de récolte accessible sans que le retour en salle de cours n'apporte trop de terre dans les couloirs.

Enfin un espace a été prévu pour amener un point d'eau sous forme d'un basin rectamgulaire de 1000 litres, afin qu'un lagunage naturel puisse se mettre en place. Le tableau ci-dessous donne un aperçu des différents espaces aménagés.

Tableau 2.1. Les espaces réaménagés du jardinet
Vue Est Ouest du jardinet Vue Ouest Est du jardinet Implantation de la butte en clef de serrure
Vue Est Ouest des espaces Vue Ouest Est des espaces Espace Clef
Le composteur Une butte de permaculture Le positionnement du bassin
Composteur Butte de permaculture Espace bassin

Chapitre 3. L'exploitation des espaces : une multitude de possibilités

Relevé des espèces : une activité d'observation et de construction d'une hierarchie du vivant.

En seconde une partie du programme de SVT est consacrée à l'observation de l'environnement proche des élèves. Le jardinet est un outil qui permet de lancer la démarche de production d'une description des espèces présentes autour du "trajet domicile / Établissement".

Toujours en seconde le sol et sa composition notamment en liason avec l'activité biologique qu'on peut y déceler peut être abordé autour du constat que les espèces qui se développent aux différents endroits du jardinet ne sont pas les mêmes. L'oposition entre les zones piétinées et les zones enherbées peut servir de point de départ.

Au Collège les activités autour du développement des végétaux, germination, croissance, fructification permettent de passer de la "Classe" au "Jardinet".

Une éducation à l'observation et une sensibilisation à l'aménagement des espaces pour enrichir la présence de l'entomofaune par exemple a été conduite dès la reprise de l'aménagement des compartiments du Jardinet. L'aménagement pour les oiseaux et les chauve souris sont aussi mis en place.

Deux applications pour la détermination des espèces

Le CG 76 a permis aux élèves de 6eme cette année de disposer d'un iPad. Deux applications peuvent être mises à disposition du projet :

  • L'application Pl@ntNet : Une application produite par le MNHN (Muséum National d'Histoire Naturelle de Paris)

  • L'application Merlin Bird ID : Une application développée par TheCornellLab

La première permet d'identifier les plantes présentes dans le Jardinet et dans le cadre d'un travail de Seconde "Biodiversité sur le chemin du Lycée" celles présentes sur le trajet des élèves entre leur domicile et l'établissement.

La seconde permet d'identifier par le chant les oiseux présents dans le jardinet ou rencontrés sur le trajet domicile/établissement.

Le relevé est réalisé sur une durée de 6 semaines entre la rentrée et la semaine du retour des congés de Toussaaint. Le travail à rendre est construit dans une activité conçue grâce à l'outil développé par l'EPFL (Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne) GRAASP

L'activité biologique du sol : comparaison pour différents endroits du jardinet

Des échantillons de sol sont prélevés et placés dans une boite de Petri. Le groupe d'élève place ensuite une feuille de papier Joseph du l'échantillon de sol et humidifie légèrement le tout.

Des photos de l'état de la feuille de papier Joseph sont réalisées à raison d'une par semaine. Le sol est observé au stéréomicroscope. Un inventaire des éléments qui se déeloppent en 4 semaines est réalisé.

Le tableau ci-dessous donne un exemple d'évolution pour le sol du jardinet dans une zone pétinée et dépourvue de couvert végétal.

Tableau 3.1. Prélèvement et préparation de l'échantillon
Surface du sol preleve Sol humidifie Papier Joseph sur sol
lieu de prélèvement Sol nu humidifié Sol couvert de la feuille


La création d'un relevé géoréférencé : utilisation de QGIS

Pour utiliser QGIS en classe il faut disposer du logiciel en le téléchargeant sur le site du développement de ce projet SIG.

Les extensions nécessaire à la réalisation du travail sont les suivantes :

  • geocoding : pour pouvoir facilement trouver le domicile des élèves

  • mmqgis : pour disposer des outils de traitement des couches vecteur

  • outils gdal : pour disposer de l'application de géoréférencement des images raster

  • qgis2web : pour pouvoir exporter le projet au format html

La préparation du relevé impose la création d'une couche vecteur de géométrie "point". Pour pouvoir fusionner les relevés des groupes d'élèves il faut absolument que les entêtes de la couche soit les même sur tous les postes de travail.

La vidéo ci-dessous montre comment créer les champs utiles au relevé dans a couche au format shapefile.

Figure 3.1. Création d'une couche vecteur "points"

Cette video évoque les modifications des espaces et leur enchaînement

Nous avons besoin d'une image de "poster" pour qu'elle soit mise en place lors des exports vers le xhtml. Elle permet aussi pour l'export pdf d'illustre le lien qui conduit à la vidéo en ligne.

Poster de la vidéo de création d'une couche vecteur points

Remarque : pour l'export pdf de cette publication ce lien vers le media permet de jouer la vidéo si le pdf est ouvert dans un navigateur.

Une fois la couche créée, il suffit de la sélectionner dans la liste des couches du projet et de la passer en mode "édition" avec l'icône crayon puis de choisir "ajouter entité" avec l'icône points pour créer les points du relevé.

On peut envisager aussi de s'affranchir de l'affichage des couches wms en ligne (Open Street map ou Google.cn Satellite) en géoréférençant une capture d'écran de la zone géographique concernée par les relevés. Ainsi on pourra travailler en classe avec une douzaine de machines actives sans avoir de problèmes de réseau.

La vidéo ci-dessous montre comment géoréférencer un image de la zone géographique du relevé de biodiversité.

Figure 3.2. Géoréférencement du secteur géographqiue des relevés de biodiversité

Cette video évoque les modifications des espaces et leur enchaînement

Nous avons besoin d'une image de "poster" pour qu'elle soit mise en place lors des exports vers le xhtml. Elle permet aussi pour l'export pdf d'illustre le lien qui conduit à la vidéo en ligne.

Poster de la vidéo de création d'une couche vecteur points

Remarque : pour l'export pdf de cette publication ce lien vers le media permet de jouer la vidéo si le pdf est ouvert dans un navigateur.

L'affichage des productions : une étape nécessaire la diffusion des travaux

Nous avons besoin de financement pour conduire nos projets "Biodiversité". Nous travaillons donc avec des organismes qui peuvent nous soutenir :

  • La/Les collectivité(s) en charge des matériels de l'établissement

  • Les fonds propres de notre établissment (qui sont réduits à peau de chagrin en ces temps de coût record de l'énergie )

  • Les partenaires de nos établissment quand on dispose d'un accès au financement par les établissement qui accueillent des stagiaires "post-Bac"

  • La collectivité territoriale dans laquelle l'établissement s'intègre, commune ou communauté de communes.

  • L'institution académique dont dépend notre établisment, le plus souvent le rectorat.

Pour parvenir à maintenir des financements, il faut que nos projets vivent au travers de leur affichage. Nous n'avons bien souvent que des affichages web a notre disposition. Il est donc important de réfléchir à des productions qui puissent permettre une mise à dispostion et une éventuelle réutilisation par les partenaires.

Nous avons pour cette formation adopté la démarche du projet européen 2017/2020 (Projet H2020 Tremplin des sciences : Météorologie et climat outil pour l'enseignement de sciences ) :

  • Une production cross-media avec un document docbook.xml comme élément pivot pour des exports aux formats xhtml, xhtml chapitrés, epub3 et pdf.

  • Une production de projet "QGIS", SIG opensource, afin de disposer d'un export "html" des couches vecteurs et raster qui géoréférencent et contextualisent nos activité relatives à la biodiversité.

La publication cross-media : oXygen comme éditeur, eXist.db comme base de donnée et un serveur de media (Nginx ou Apache)

Le projet Tremplin conduite par l'IFE-ENS-de-Lyon met à disposition des enseignants qu'il a accompagné :

  • Une base de donnée eXist-db 6.2 et des collections thématiques. Les fichiers xml, xhtml et xhtml-chunks (paginés) sont déposés dans la base de donnée et leur affichage est obtenu par une requête (x-Query) qui construit la page d'affichage. Ce lien montre le résultat du travail de 2014 à 2023.

  • Un espace de stockage des media contenus dans les docbook ainsi que les exports pdf et epub3 de la production. Ces deux dernières sont alors téléchargeables sur la page d'affichage de la librairie "Ressources Educatives Libres".

Figure 3.3.  le popup d'accès aux téléchargements et aux affichages en ligne
Le popup d'accès aux affichages et aux téléchargment des productions

On distingue les liens de téléchargement (ligne 1 et 4) les liens d'affichages

(lignes 2 et 3) et le lien de partage à l'identique de la source docbook (ligne 5)


La production de l'ensemble de ces "versions" du docbook repose sur les transformations xslt fournies par le logiciel oXygen.

Le cas particulier des données géoréférencées

L'utilisation du logiciel opensource QGIS et de l'extension " qgis2web permet de disposer d'une sorte de page de site "interactive" lors de sa consultation.

Vous avez pu, lors de la formation, afficher le menu d'export des données. Quelques réglages sont à réaliser dont voici la liste :

  • Veiller à ce que TOUTES les couches du projet soient dans un meme répertoire

  • Veiller à ce que chaque couche soit projetée dans la référence du projet (en formation WSG 84 /Pseudo Mercator)

  • Régler l'affichage des "labels" des couches sur "in line"

  • Autoriser les outils de navigation, de mesures, de collecte de la position de l'usager qui consulte le projet

  • Choisissez "collapse" pour l'affichage des noms et des contenus des couches.

  • Choisissez des couleurs, si vous le souhaité pour les fonds et les labels des icones des outils.

  • Parcourez l'arborescence de votre machine de travail pour "ouvrir" le dossier de sauvegarde de l'export du projet.

Figure 3.4.  le module qgis2web et ses onglets
Illustration du module de paramétrage de l'extension "qgis2web"

Les onglets permettent de régler tous les paramètres avant l'export

L'export openLayer donne un très bon résultat.


L'utilisation des outils académiques

Deux types d'outils sont utilisables, les sites statiques des établissments (SPIP pour le rectorat "haut normand") et l'ENT (Neo pour les Lycées Normands et les collèges "bas normands" ou SCOLENGO pour les collèges des départements 76 et 27.

Les sites SPIP permettent l'affichage d'articles xhtml intégrés dans une iframe par exemple. Ils permettent aussi une intégration directe des exportsWeb de QGIS pourvu que ces derniers soient déposés sur un serveur académique sécurisé. Un exemple ici.

Les ENT permettent la publication de Blog accessibles par un lien "public". Cela assure une visibilité au-delà de la stricte communauté liée à l'instance établissment de l'ENT. Un exemple ici

Chapitre 4. Conclusion

La formation se poursuivra cette année par une demie-journée de distanciel. Elle sera conduite dans une salle "Jitsi" livrée par le projet Tremplin des Sciences.

Pendant cette demi-journée, nous écouterons les collègues présenter les progrès de leur projet, nous essaierons d'accompagner pour permettre un affichage de ces projets. Une des possibilité sera l'utilisation d'un espace sur le serveur académique qui héberge le site SPIP disciplinaire de SVT.