Evolution des population leucocytaires chez les patients atteints de SIDA
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Evolution des population leucocytaires chez les patients atteints de SIDA

On cherche à comparer l’effectif des populations leucocytaires chez un individu sain et chez un individu atteint de SIDA. On analyse l’expression de trois marqueurs de surface : CD3 (un marqueur commun aux LT et à certaines cellules NK), CD4 et CD8.

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Figure 2.10. Exploitation de données cytologiques concernant le SIDA


Chargement du fichier : SuiviSIDA.fsc

Utiliser le menu Fichier / Ouvrir et chercher le fichier dans le répertoire du logiciel.

Un graphique s'ouvre avec la représentation des données taille / granularité du premier cas : cas normal.

Identification des trois populations de leucocytes d’après la taille / granularité (lymphocytes, monocytes, granulocytes) et délimitation des catégories

Procéder comme dans la partie I

Figure 2.11. Cas normal.


Analyse de l’expression des marqueurs de surface : individu sain

Créer un nouveau graphique (à partir de la fenêtre principale). Choisir le même jeu de données (cas normal).

Sélectionner un seul paramètre, par exemple CD4 (choisir CD4 comme paramètre 1 et histogramme comme paramètre 2).

Figure 2.12. Histogramme de répartition des cellules suivant leur expression du marqueur CD4.


Délimiter la catégories des cellules CD4+ avec la souris sur l'histogramme.

Si on reprend le graphique taille / granularité (en cliquant dessus, ou s'il n'est plus visible, avec le menu Graphique / Afficher de la fenêtre principale), on observe que la catégorie CD4+ a été ajoutée aux légendes et que les points appartenant à cette catégorie ont la couleur correspondante.

Créer un nouveau graphique et y délimiter la catégorie CD8+.

Puis, sur le même graphique, changer de paramètre (utiliser d'abord le menu Affichage / Choix des paramètres pour que le choix redevienne visible) et délimiter la catégorie CD3+.

Si on revient au graphique taille / granularité, on observe que les points correspondant aux cellules CD4+ et CD8+ sont masqués par la couleur de la population CD3+ qui a été définie après. Les catégories pouvant se recouper, l'ordre dans lequel elles ont été générées intervient forcément sur la coloration.

On remarque aussi que les couleurs se distinguent mal. On peut en choisir d'autres pour améliorer la lisibilité.

Amélioration de la lisibilité

Pour améliorer l'affichage, on peut modifier les paramètres des catégories (à partir du menu Catégories / Editer dans une des fenêtres graphiques).

Pour modifier l’ordre d’affichage des catégories, cliquer sur l'étiquette CD3+ et la remonter avec la souris (bouton gauche enfoncé) pour la placer au-dessus de CD4+.Pour améliorer la lisibilité des couleurs, cliquer sur la couleur rouge de la catégories Lymphocytes et choisir un bleu-pâle.

Valider en cliquant sur OK. Le graphique est alors réajusté.

Lorsqu'il n'y a pas beaucoup de cellules comptées, comme ici, on peut aussi grossir la taille des points avec le menu Affichage / Taille des points / Augmenter. On peut aussi mettre un titre à partir du menu Edition / Choisir le titre.

Comparaison des effectifs des populations leucocytaires chez un individu sain et un individu malade du SIDA

Figure 2.13. Cas normal légendé.


Revenir à la fenêtre principale. Utiliser le menu Graphique / Nouveau et choisir Cas grave dans l'onglet Données.

Le graphique en nuage de points Taille/Granularité correspondant s'affiche en utilisant les catégories définies sur le cas normal.

Figure 2.14. Cas grave légendé.


La comparaison des histogrammes de l’expression du marqueur CD4 est aussi très parlante.

Figure 2.15. Histogramme du cas grave.


Les graphiques obtenus peuvent ensuite être copiés et collés dans un traitement de texte (ou un logiciel de dessin). Ils peuvent aussi être enregistrés sous forme d'image ou imprimés (avec la possibilité d'imprimer plusieurs fois le graphique sur la même page en augmentant le nombre de lignes ou de colonnes).

[Remarque] Remarque

Le menu Fichier permet d'ajouter des données. Dans ce cas, les délimitations faites avec le premier fichier sont conservées. Pour que cela fonctionne correctement, il faut que les paramètres utilisés soient les mêmes. Ils doivent provenir de la même source et d'un même ensemble. Il vaut mieux utiliser les fichiers fournis qui comportent souvent plusieurs jeux de données compatibles entre eux.