Suivi de la réponse immunitaire adaptative à l’infection par le virus de la grippe (données fournie par Katia Mayol).
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Suivi de la réponse immunitaire adaptative à l’infection par le virus de la grippe (données fournie par Katia Mayol).

Ces données sont issues d’expérimentation chez la souris.

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Figure 2.16. Exploitation de données cytologiques concernant la grippe


Protocole expérimental.

Ces données sont issues d’expérimentation chez la souris.

L'expérience consiste à infecter des souris avec le virus de la grippe par voie intra-nasale, puis à suivre l'apparition des lymphocytes T CD8+ spécifiques du virus dans différents organes (ganglion lymphatique drainant les poumons, sang, poumons) au cours du temps après infection (jour 0 à jour 9 ou 11).

L'inoculation du virus par voie intra-nasale permet l'infection des poumons. Les cellules dendritiques (cellules présentatrices d'antigènes professionnelles) de cet organe capturent des antigènes viraux et migrent vers le ganglion drainant les poumons (ganglion médiastinal), où elles présentent des peptides du virus aux lymphocytes. Les lymphocytes T CD8+ reconnaissant ces peptides vont alors proliférer, se différencier et migrer vers le lieu de l'infection, où ils élimineront les cellules infectées.

Les jeux de données sont fournis dans des fichiers qui contiennent les données obtenues aux différents temps post-infection (jour 0 à jour 9 ou 11). Les trois fichiers sont disponibles dans un dossier compressé sur le site ACCES. Pour faciliter le travail des élèves, les évènements (cellules débris ou paquets de cellules) qui ne correspondent pas à des lymphocytes, d'après leur taille et leur granularité, ont été retirés des fichiers. Les fichiers complets sont aussi disponibles sur le site ACCESS.

L’expression du marqueur de surface CD8 (paramètre CD8) et du TCR spécifique du peptide NP68 (paramètre NP68) à la surface des cellules isolées a été analysée.

La démarche d'exploitation des données sera expliquée pour le fichier poumon_j0_j9_r.fcs qui a donné les résultats les plus tranchés. Utiliser le menu Fichier / Ouvrir et choisir le fichier poumon_j0_j9_r.fcs.

Patienter jusqu'à ce que les 5 jeux de données soient chargés (Poumon jour 0, Poumon jour 2, Poumon jour 4, Poumon jour 7 et Poumon jour 9). Le nombre de cellules passées au cytomètre est important (entre 110 000 et 400 000 suivant le jeu de données). Le graphique Taille / Granularité s'affiche. Les évènements (cellules débris ou paquets de cellules) qui ne correspondent pas à des lymphocytes, d'après leur taille et leur granularité ont été retirés du fichier.

Exploitation des résultats

Le graphique qui s'affiche au départ correspond donc aux cellules ayant des caractéristiques  semblable à celles des lymphocytes.

Figure 2.17. Taille et granularité des lymphocytes prélevés dans les poumons au jour 0.


On choisit alors de nouveaux paramètres d’affichage, NP68 et CD8, et on affiche les données du jour 9 :

Sur le graphique CD8-NP68 du jour 9, on repère les lymphocytes T CD8+ qui expriment un TCR spécifique du peptide NP68 et on délimite la catégorie correspondante.

Figure 2.18. Délimitation des lymphocytes T cytotoxiques qui reconnaissent le peptide NP68 du virus de la grippe au jour 9.


On peut alors faire défiler les jours et comparer l’effectif de la population. Afficher / Choix des paramètres

Données : sélectionner le jour. Par exemple ici, au jour 0.

Figure 2.19. Délimitation des lymphocytes T cytotoxiques qui reconnaissent le peptide NP68 du virus de la grippe au jour 0.


A partir du menu Statistiques, on peut obtenir le tableau et le graphique montrant l'évolution au cours du temps du pourcentage de lymphocytes CD8+ qui reconnaissent le peptide NP68 du virus de la grippe.

Dans la fenêtre Statistiques, cliquer sur le menu Graphique.

Figure 2.20. Évolution du pourcentage des lymphocytes T cytotoxiques qui reconnaissent le peptide viral NP68.


Il est possible d’ajouter un titre et de copier le tableau ou le graphique (menu Edition).

Le graphique peut être imprimé ou enregistré comme une image (menu Fichier).