Réglage de la taille de l'environnement de simulation

Le panneau de contrôle permet de paramétrer l'environnement, c'est-à-dire la fenêtre de simulation : sa taille est par défaut de 100 x 100 pixels. Il peut être intéressant de diminuer la taille : les entités (informatiquement ce sont des pixels) seront alors plus proches les unes des autres et interagiront plus fréquemment ; elles seront également plus visibles.

On peut insérer une comme fond de fenêtre (la souris dans le cas présent).

Création d'entités

La déclaration d'entités s'effectue en cliquant sur l'icône « Entités » du panneau de contrôle. Il est possible d'ajouter une nouvelle entité, d'en supprimer et d'en modifier (« Editer »).

Paramétrage des caractéristiques des entités créées

Les caractéristiques d'une entité sont :

• Son nom et sa description (utile quand l'utilisateur demandera des informations sur cette entité dans la fenêtre de simulation) ;
• Sa taille ;
• Son apparence : forme géométrique et couleur à choisir ou image à sélectionner à partir de l'un de vos dossiers informatiques ;
• Sa probabilité de déplacement : elle est égale à 1 par défaut et peut être diminuée pour la rendre moins mobile (on diminue alors la probabilité d'interactions avec les autres entités) ;
• Sa demi-vie : elle est par défaut égale à zéro, ce qui correspond à une durée de vie infinie. Pour rendre une entité non infinie (par exemple une cellule qui meurt, une molécule qui disparaît), la demi vie doit être supérieure à zéro (la valeur s'obtient par réglages lors de tests de simulation) ;
• Le fait que l'entité soit visible dans le panel et vidable : pendant la phase de construction du modèle et la phase de test, il est conseillé de laisser toutes les entités visibles et vidables. Une fois le modèle terminé, on peut laisser visibles seulement les entités que l'utilisateur devra placer ou modifier. Les entités non vidables reviendront telles quelles à chaque nouvelle simulation : cela peut être utile d'avoir des entités réparties régulièrement et cela prévient les erreurs de manipulation.

Définition du comportement des entités : réaction (= transformation, disparition, production de nouvelles entités) ou migration

Une fois les entités déclarées, il faut définir leurs comportements, c'est-à-dire leurs interactions avec les autres entités : si lors du contact avec une autre entité, il se produit une modification comme la production d'une molécule, la multiplication, la mort etc., cela correspond informatiquement à une réaction : A + B + etc => C + D + etc

Donnez un nom à la réaction et éventuellement une description (utile lors du réglage du modèle)  ; sélectionnez le type « Située en absolue » qui permet de déclarer autant d'entités réactifs et produits qu'on le souhaite. La probabilité de la réaction est par défaut égale à 1.

Laissez la réaction visible dans le panel : un curseur avec son nom apparaîtra sous la fenêtre de simulation et permettra de modifier directement la probabilité de la réaction. C'est utile pour le réglage du modèle et également si on veut permettre à l'utilisateur de faire varier la probabilité. Dans le cas contraire, après la phase de réglage du modèle, il est préférable de décocher la case.

Dans la fenêtre de gauche des « Réactifs », sélectionnez les entités qui interagissent. Dans la fenêtre des « Produits », indiquez ce qui se passe après l'interaction : formation d'une ou plusieurs nouvelles entités, disparition d'une entité de départ. Lorsque les entités de départ persistent, ne pas oublier de les placer également dans la fenêtre « Produits ». Dans le cas présent, le contact entre un macrophage et un virus de l'herpès provoque la formation d'une molécule de TNF et le macrophage et le virus de départ persistent.

Enregistrement d'un modèle

Le modèle s'enregistre par défaut dans le dossier « Mes documents ». L'enregistrement crée une multitude de fichiers en plus du fichier exécutable .nbd et des images éventuellement insérées. Il est vivement conseillé de créer un dossier qui contiendra l'ensemble des fichiers.

Réglages du modèle selon l'objectif recherché

Les paramètres à régler dans un modèle sont d'autant plus nombreux que les entités et interaction sont nombreuses. Il s'agit de définir : le nombre d'entités à placer au départ (ou un ordre de grandeur), la demi-vie des entités quand elle n'est pas infinie, les probabilités des interactions et la durée de la simulation. Le nombre des entités peut se baser sur des données expérimentales.

La fonction « Export modèle » est intéressante pour avoir sous les yeux les caractéristiques de toutes les entités et tous leurs comportements.

Insertion d'une image de fond dans la fenêtre de simulation

L'insertion d'une image de fond doit être faite au début de la création d'un modèle. Elle permet à l'utilisateur de savoir quel est le « lieu «  de l'expérimentation (un animal, un tube à essai….). Sélectionnez l'image dans l'un de vos dossiers informatiques, celle-ci sera automatiquement enregistrée avec les autres fichiers.

Création d'une frontière délimitant des compartiments dans la fenêtre

Pour contenir les entités dans un espace défini ou pour empêcher les interactions entre certaines entités, on peut créer une frontière. Cela se fait en deux temps : la création d'entités immobiles et sans interactions (comme les piquets d'une clôture) puis la création de liens imperméables entre ces entités (comme les fils de la clôture).

Ne pas oublier de rendre non visibles et non vidables les entités et les liens une fois que le frontière est tracée.