Comment utiliser le logiciel netBioDyn ?

Présentation de l'interface du logiciel

L'interface se présente sous la forme d'un panneau de commande à gauche, d'une grande fenêtre blanche dans lesquelles les simulations sont réalisées, d'une petite fenêtre blanche pour l'affichage de graphiques

Ouverture d'un modèle

La commande d'ouverture d'un modèle aboutit systématiquement au dossier « Mes documents » de l'ordinateur. Il est donc conseillé de placer les dossiers des modèles dans celui-ci.

Le fichier à ouvrir a une extension en .nbd.

Présentation d'un exemple avec un modèle d'immunologie

Le modèle présenté ici a une image de souris en fond d'écran. Cette image sert uniquement à illustrer le lieu de la modélisation (le corps d'une souris) mais on ne peut pas agir dessus.

Dans la fenêtre jaune, sont indiquées les entités visibles et modifiables.

Placement d'entités dans la fenêtre de simulation et suppression d'entités

Les entités déclarées dans la fenêtre jaune peuvent être placées dans la fenêtre de simulation. Pour ce faire, sélectionnez le nom de l'entité souhaitée puis cliquez sur l'outil « crayon » pour placer précisément les entités une à une ou sur l'outil « spray » pour placer une dizaine d'entités d'un coup. En cas d'erreur, sélectionnez l'outil gomme et supprimez les entités non voulues.

Le nombre des entités placées s'affiche dans la fenêtre jaune.

Lancement d'une simulation

L'icône en forme de flèche permet de lancer la simulation, puis de faire une pause si besoin. L'icône à sa droite permet de faire une simulation pas à pas. Lors de la simulation, le temps, compté en « tics », s'écoule et les entités se déplacent de manière totalement aléatoire ou de manière dirigée selon le paramétrage qui a été fait. Par défaut, le déplacement est aléatoire, ce qui signifie que deux simulations successives, partant des mêmes entités ne donneront pas les mêmes résultats (intéressant quand on veut montrer l'intervention du hasard dans un phénomène).

Ajout d'entités en cours de simulation

L'ajout d'entités en cours de simulation est possible : faites une pause dans la simulation et ajoutez les entités souhaitées. Reprenez ensuite la simulation. On peut ainsi simuler l'injection d'histamine à une souris et avoir une situation témoin avant l'injection.

Obtention d'informations sur les entités

En cas d'apparition de nouvelles entités dans la fenêtre de simulation, on peut obtenir leur nom et éventuellement des précisions par un clic droit sur cette entité. Ces nouvelles entités ne figureront pas dans la fenêtre jaune si elles n'y ont pas été préalablement déclarées.

Cela veut dire que le concepteur du modèle a choisi de rendre certaines entités visibles (dans la fenêtre jaune) et d'autres pas. L'intérêt de les rendre non visibles est que l'utilisateur doit les repérer et en chercher le nom ; de plus, il ne peut pas en placer au début de la simulation.

Le zoom et le déplacement dans la fenêtre à l'aide des deux premières icônes sous la fenêtre de simulation donnent davantage de précision pour repérer les nouvelles entités.

Représentation graphique de l'évolution du nombre d'entités au cours du temps

En cliquant sur la touche « Ctrl » et en sélectionnant les noms des entités dans la fenêtre jaune, on obtient la représentation graphique de l'évolution du nombre d'entités au cours du temps. La couleur des courbes correspond à la couleur des entités.

Lancement d'une nouvelle simulation

Après avoir cliqué sur la touche « Stop » (carré rouge), on peut reprendre une simulation avec les entités placées exactement au même endroit qu'à la 1^ère simulation.

Pour supprimer les entités et les replacer, il faut vider la fenêtre. Toutes les entités qui ont été déclarées comme vidables disparaissent.