<?xml-model href="http://docbook.org/xml/5.0/rng/docbook.rng" schematypens="http://relaxng.org/ns/structure/1.0"?><?xml-model href="http://docbook.org/xml/5.0/rng/docbook.rng" type="application/xml" schematypens="http://purl.oclc.org/dsdl/schematron"?>
<book xmlns="http://docbook.org/ns/docbook" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" version="5.0" xml:lang="fr">
    <info>
        <title>
            <emphasis role="bold">Protégé : Outil de traitement et de visualisation des Ontologies
            </emphasis>
        </title>
        <cover>
            <mediaobject>
                <imageobject>
                    <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/ProtegeOntologies/images/cover.jpg"/>
                </imageobject>
            </mediaobject>
        </cover>
        <authorgroup>
            <author>
                <personname>
                    <firstname>Eric</firstname>
                    <surname>Le Jan</surname>
                </personname>
                <affiliation>
                    <orgname>IFÉ ENS de Lyon</orgname>
                    <address>
                        <street>Allée de Fontenay</street>
                        <city>Lyon</city>
                        <postcode>69000</postcode>
                        <country>France</country>
                    </address>
                </affiliation>
                <email>eric.lejan(at)ens-lyon.fr</email>
            </author>
            <editor>
                <personname>
                    <firstname>Gérard</firstname>
                    <surname>Vidal</surname>
                </personname>
                <affiliation>
                    <jobtitle>Directeur de la publication</jobtitle>
                    <orgname>IFÉ ENS de Lyon</orgname>
                </affiliation>
            </editor>
        </authorgroup>
        <copyright>
            <year>2015-02-25</year>
            <holder>
                <link xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/">Livret mise à
                    disposition selon les termes de la Licence Creative Commons Attribution - Pas
                    d’Utilisation Commerciale - Partage dans les mêmes conditions 4.0
                    International</link>
                <inlinemediaobject>
                    <imageobject>
                        <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/FluxRSS/images/licence.png" width="40"/>
                    </imageobject>
                </inlinemediaobject>
            </holder>
        </copyright>
        <abstract>
            <simpara>Cet article a pour objectif de vous permettre de découvrir comment utiliser le
                logiciel Protege. C'est un outil de gestion des Ontologies. Cette première version
                du livret numérique ne recouvre que l'installation puis la visualisation d'une
                ontologie. </simpara>
        </abstract>
    </info>
    <chapter>
        <info>
            <title>Protege : de l'installation à la visualisation des fichiers OWL</title>
            <authorgroup>
                <author>
                    <personname>
                        <firstname>Eric</firstname>
                        <surname>Le Jan</surname>
                    </personname>
                    <affiliation>
                        <orgname>IFÉ ENS de Lyon</orgname>
                    </affiliation>
                </author>
                <editor>
                    <personname>
                        <firstname>Gérard</firstname>
                        <surname>Vidal</surname>
                    </personname>
                    <affiliation>
                        <jobtitle>Directeur de la publication</jobtitle>
                        <orgname>IFÉ ENS de Lyon</orgname>
                    </affiliation>
                </editor>
            </authorgroup>
            <abstract>
                <simpara>Quelques captures d'écrans pour vous guider dans la création d'un compte
                    RSS dans ce logiciel de messagerie.</simpara>
            </abstract>
        </info>
        <sect1>
            <title>Introduction : </title>
            <para>Les ontologies permettent d'accéder à des ressources "Classées". Leur fichier de
                description suivent des règles que le logiciel Protege permet de mettre en
                œuvre.</para>
            <para>Une fois le logiciel installé sur la machine et à condition d'avoir chargé une
                ontologie au format OWL on obtient cet affichage dans le module OWLViz.</para>
            <para>Sur l'illustration l'ontologie s'affiche comme une carte euristique.</para>
            <para>
                <figure>
                    <title>La visualisation sous forme de carte de l'ontologie.</title>
                    <mediaobject>
                        <imageobject>
                            <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/ProtegeOntologies/images/protegeillustration1.png" align="center" xml:id="figure00" width="400">
                                <info>
                                    <copyright>
                                        <year>2015-03-01</year>
                                        <holder>Eric Le Jan</holder>
                                    </copyright>
                                    <legalnotice>
                                        <simpara>
                                            <link xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/">Capture mise à disposition selon les termes de la
                                                Licence Creative Commons Attribution - Pas
                                                d’Utilisation Commerciale - Partage dans les mêmes
                                                conditions 4.0 International</link>
                                            <inlinemediaobject>
                                                <imageobject>
                                                    <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/ProtegeOntologies/images/licence.png" width="40"/>
                                                </imageobject>
                                            </inlinemediaobject>
                                        </simpara>
                                    </legalnotice>
                                </info>
                            </imagedata>
                        </imageobject>
                        <caption>
                            <para>On obtient l'affichage en sélectionnant l'onglet "OWLViz"</para>
                        </caption>
                    </mediaobject>
                </figure>
            </para>
        </sect1>
        <sect1>
            <title>Installation du logiciel : Un outil Multi OS </title>
            <para>Le logiciel est disponible au bout de <link xlink:href="http://protege.stanford.edu/">ce lien</link>.</para>
            <para>
                <figure>
                    <title>
                        <emphasis role="bold">Le choix de téléchargement tient compte de l'OS qui
                            s'est connecté au site.</emphasis>
                    </title>
                    <mediaobject>
                        <imageobject>
                            <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/ProtegeOntologies/images/protegetelechargement.png" width="400" format="png" align="center">
                                <info>
                                    <copyright>
                                        <year>2015-02-25</year>
                                        <holder>Eric Le Jan </holder>
                                    </copyright>
                                    <legalnotice>
                                        <simpara>
                                            <link xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/">Capture mise à disposition selon les termes de la
                                                Licence Creative Commons Attribution - Pas
                                                d’Utilisation Commerciale - Partage dans les mêmes
                                                conditions 4.0 International</link>
                                            <inlinemediaobject>
                                                <imageobject>
                                                    <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/FluxRSS/images/licence.png" width="40"/>
                                                </imageobject>
                                            </inlinemediaobject>
                                        </simpara>
                                    </legalnotice>
                                </info>
                            </imagedata>
                        </imageobject>
                        <caption>
                            <para>Ici la machine connectée est un Mac donc la proposition de
                                téléchargement correspond à cet OS</para>
                        </caption>
                    </mediaobject>
                </figure>
            </para>
            <para>Le clic sur le lien lance le téléchargement. </para>
            <para>L'archive est assez volumineuse (138 Mo). Une fois celle-ci decompressée on
                constate que le dossier de l'application contient tout ce qui est nécessaire au
                lancement de l'application.</para>
            <para>Il suffit donc juste sous MacOS de <emphasis role="bold">glisser</emphasis> le
                dossier issu de la décompression dans le dossier <emphasis>applications</emphasis>
                de la machine.</para>
            <para>
                <figure xml:id="figure0">
                    <title>
                        <emphasis role="bold">Localisation du logiciel une fois l'installation
                            terminée</emphasis>
                    </title>
                    <mediaobject>
                        <imageobject>
                            <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/ProtegeOntologies/images/protegeinstallation.png" width="400" format="png" align="center">
                                <info>
                                    <copyright>
                                        <year>2015-02-25</year>
                                        <holder>Eric Le Jan </holder>
                                    </copyright>
                                    <legalnotice>
                                        <simpara>
                                            <link xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/">Capture mise à disposition selon les termes de la
                                                Licence Creative Commons Attribution - Pas
                                                d’Utilisation Commerciale - Partage dans les mêmes
                                                conditions 4.0 International</link>
                                            <inlinemediaobject>
                                                <imageobject>
                                                    <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/FluxRSS/images/licence.png" width="40"/>
                                                </imageobject>
                                            </inlinemediaobject>
                                        </simpara>
                                    </legalnotice>
                                </info>
                            </imagedata>
                        </imageobject>
                        <caption>
                            <para>Ici le programme run.command permet de lancer un terminal puis
                                protégé s'ouvre dans une fenêre de type X11.</para>
                        </caption>
                    </mediaobject>
                </figure>
            </para>
            <para>Il faut maintenant ajouter un fichier OWL sur la machine pour pouvoir l'importer
                dans le logiciel <emphasis>protege</emphasis> .</para>
        </sect1>
        <sect1>
            <title>Import d'un fichier de description des ontologies au format OWL</title>
            <para>Le fichier disponible au bout de <link xlink:href="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/ProtegeOntologies/fichiers/TKV+CBC+STU-Orig.owl">ce lien</link> correspond au premier jet de l'ontologie qui va permettre
                d'accéder à l'ensemble des ressources libres produites par l'ENS de Lyon. Ce travail
                est conduit par Gérard Vidal et Encolpe Degoute. </para>
            <para>Il s'agit d'un fichier de type txt vous devez le sauvegarder avec l'extension .owl
                pour que <emphasis>protege</emphasis> l'utilise.</para>
            <para>L'import se réalise après le lancemet du logiciel en utilisant le lien prévu dans
                la fenêtre d'ouverture du logiciel.</para>
            <para>
                <figure>
                    <title>Localisation du lien "import direct".</title>
                    <mediaobject>
                        <imageobject>
                            <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/ProtegeOntologies/images/protegeimport1.png" align="center" width="400" xml:id="figure6">
                                <info>
                                    <copyright>
                                        <year>2015-02-25</year>
                                        <holder>Eric Le Jan </holder>
                                    </copyright>
                                    <legalnotice>
                                        <simpara>
                                            <link xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/">Capture mise à disposition selon les termes de la
                                                Licence Creative Commons Attribution - Pas
                                                d’Utilisation Commerciale - Partage dans les mêmes
                                                conditions 4.0 International</link>
                                            <inlinemediaobject>
                                                <imageobject>
                                                    <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/FluxRSS/images/licence.png" width="40"/>
                                                </imageobject>
                                            </inlinemediaobject>
                                        </simpara>
                                    </legalnotice>
                                </info>
                            </imagedata>
                        </imageobject>
                        <caption>
                            <para>Le lien correspond au petit "+" du champ inférieur de la page de
                                garde de portege</para>
                        </caption>
                    </mediaobject>
                </figure>
            </para>
            <para>En cliquant sur le "+" on s'engage dans une succession d'étapes qui vont conduire
                à une demande de validation du fichier  à importer. </para>
            <para>Les illustrations suivantes sont des captures de chaque étape à franchir. </para>
            <para>
                <figure>
                    <title>Option d'importation</title>
                    <mediaobject>
                        <imageobject>
                            <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/ProtegeOntologies/images/protegeimport2.png" align="center" width="400" format="png">
                                <info>
                                    <copyright>
                                        <year>2015-02-25</year>
                                        <holder>Eric Le Jan </holder>
                                    </copyright>
                                    <legalnotice>
                                        <simpara>
                                            <link xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/">Capture mise à disposition selon les termes de la
                                                Licence Creative Commons Attribution - Pas
                                                d’Utilisation Commerciale - Partage dans les mêmes
                                                conditions 4.0 International</link>
                                            <inlinemediaobject>
                                                <imageobject>
                                                    <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/FluxRSS/images/licence.png" width="40"/>
                                                </imageobject>
                                            </inlinemediaobject>
                                        </simpara>
                                    </legalnotice>
                                </info>
                            </imagedata>
                        </imageobject>
                        <caption>
                            <para>On choisit le premier item puisque le fichier est téléchargé sur
                                notre machine.</para>
                        </caption>
                    </mediaobject>
                </figure>
            </para>
            <figure>
                <title>Parcours de l'arborescence de la machine.</title>
                <mediaobject>
                    <imageobject>
                        <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/ProtegeOntologies/images/protegeimport3.png" align="center" width="400" format="png">
                            <info>
                                <copyright>
                                    <year>2015-02-25</year>
                                    <holder>Eric Le Jan </holder>
                                </copyright>
                                <legalnotice>
                                    <simpara>
                                        <link xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/">Capture mise à disposition selon les termes de la
                                            Licence Creative Commons Attribution - Pas d’Utilisation
                                            Commerciale - Partage dans les mêmes conditions 4.0
                                            International</link>
                                        <inlinemediaobject>
                                            <imageobject>
                                                <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/FluxRSS/images/licence.png" width="40"/>
                                            </imageobject>
                                        </inlinemediaobject>
                                    </simpara>
                                </legalnotice>
                            </info>
                        </imagedata>
                    </imageobject>
                    <caption>
                        <para>On clique sur browse et on va ainsi jusqu'au fichier .owl.</para>
                    </caption>
                </mediaobject>
            </figure>
            <para>
                <figure>
                    <title>Localisation du fichier à importer.</title>
                    <mediaobject>
                        <imageobject>
                            <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/ProtegeOntologies/images/protegeimport4.png" align="center" width="400" format="png">
                                <info>
                                    <copyright>
                                        <year>2015-02-25</year>
                                        <holder>Eric Le Jan </holder>
                                    </copyright>
                                    <legalnotice>
                                        <simpara>
                                            <link xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/">Capture mise à disposition selon les termes de la
                                                Licence Creative Commons Attribution - Pas
                                                d’Utilisation Commerciale - Partage dans les mêmes
                                                conditions 4.0 International</link>
                                            <inlinemediaobject>
                                                <imageobject>
                                                    <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/FluxRSS/images/licence.png" width="40"/>
                                                </imageobject>
                                            </inlinemediaobject>
                                        </simpara>
                                    </legalnotice>
                                </info>
                            </imagedata>
                        </imageobject>
                        <caption>
                            <para>On choisit le fichier souhaité</para>
                        </caption>
                    </mediaobject>
                </figure>
            </para>
            <para>
                <figure>
                    <title>Résultat de la sélection.</title>
                    <mediaobject>
                        <imageobject>
                            <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/ProtegeOntologies/images/protegeimport5.png" align="center" width="400" format="png">
                                <info>
                                    <copyright>
                                        <year>2015-02-25</year>
                                        <holder>Eric Le Jan </holder>
                                    </copyright>
                                    <legalnotice>
                                        <simpara>
                                            <link xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/">Capture mise à disposition selon les termes de la
                                                Licence Creative Commons Attribution - Pas
                                                d’Utilisation Commerciale - Partage dans les mêmes
                                                conditions 4.0 International</link>
                                            <inlinemediaobject>
                                                <imageobject>
                                                    <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/FluxRSS/images/licence.png" width="40"/>
                                                </imageobject>
                                            </inlinemediaobject>
                                        </simpara>
                                    </legalnotice>
                                </info>
                            </imagedata>
                        </imageobject>
                        <caption>
                            <para>Protege affiche le chemin vers le fichier à télécharger</para>
                        </caption>
                    </mediaobject>
                </figure>
            </para>
            <para>
                <figure>
                    <title>Annonce de l'importation.</title>
                    <mediaobject>
                        <imageobject>
                            <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/ProtegeOntologies/images/protegeimport6.png" align="center" width="400" format="png">
                                <info>
                                    <copyright>
                                        <year>2015-02-25</year>
                                        <holder>Eric Le Jan </holder>
                                    </copyright>
                                    <legalnotice>
                                        <simpara>
                                            <link xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/">Capture mise à disposition selon les termes de la
                                                Licence Creative Commons Attribution - Pas
                                                d’Utilisation Commerciale - Partage dans les mêmes
                                                conditions 4.0 International</link>
                                            <inlinemediaobject>
                                                <imageobject>
                                                    <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/FluxRSS/images/licence.png" width="40"/>
                                                </imageobject>
                                            </inlinemediaobject>
                                        </simpara>
                                    </legalnotice>
                                </info>
                            </imagedata>
                        </imageobject>
                        <caption>
                            <para>Protege confirme l'importation de l'ontologie.</para>
                        </caption>
                    </mediaobject>
                </figure>
            </para>
            <para>
                <figure>
                    <title>Résultat de l'importation.</title>
                    <mediaobject>
                        <imageobject>
                            <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/ProtegeOntologies/images/protegeimport7.png" align="center" width="400" format="png">
                                <info>
                                    <copyright>
                                        <year>2015-02-25</year>
                                        <holder>Eric Le Jan </holder>
                                    </copyright>
                                    <legalnotice>
                                        <simpara>
                                            <link xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/">Capture mise à disposition selon les termes de la
                                                Licence Creative Commons Attribution - Pas
                                                d’Utilisation Commerciale - Partage dans les mêmes
                                                conditions 4.0 International</link>
                                            <inlinemediaobject>
                                                <imageobject>
                                                    <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/FluxRSS/images/licence.png" width="40"/>
                                                </imageobject>
                                            </inlinemediaobject>
                                        </simpara>
                                    </legalnotice>
                                </info>
                            </imagedata>
                        </imageobject>
                        <caption>
                            <para>Protege affiche l'ontologie importée.</para>
                        </caption>
                    </mediaobject>
                </figure>
            </para>
        </sect1>
        <sect1>
            <title>Visualisation du contenu : module OWLViz</title>
            <para>L'onglet situé tout à droite dans la page de garde de <emphasis>protege</emphasis>
                donne accès à la visualisation de l'ontologie. </para>
            <para>Un clic sur <emphasis>things</emphasis> déplie l'ontologie. On voit alors à chaque
                dépliage les différents niveaux de l'ontologie accessibles.</para>
            <para>
                <figure>
                    <title>l'arborescence</title>
                    <mediaobject>
                        <imageobject>
                            <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/ProtegeOntologies/images/protegelecture1.png" align="center" width="400" format="png">
                                <info>
                                    <copyright>
                                        <year>2015-02-25</year>
                                        <holder>Eric Le Jan </holder>
                                    </copyright>
                                    <legalnotice>
                                        <simpara>
                                            <link xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/">Capture mise à disposition selon les termes de la
                                                Licence Creative Commons Attribution - Pas
                                                d’Utilisation Commerciale - Partage dans les mêmes
                                                conditions 4.0 International</link>
                                            <inlinemediaobject>
                                                <imageobject>
                                                    <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/FluxRSS/images/licence.png" width="40"/>
                                                </imageobject>
                                            </inlinemediaobject>
                                        </simpara>
                                    </legalnotice>
                                </info>
                            </imagedata>
                        </imageobject>
                        <caption>
                            <para>Dans cette situation c'est la profondeur de l'arborescence qui
                                détermine le niveau auquel on va chosir l'affichage.</para>
                        </caption>
                    </mediaobject>
                </figure>
            </para>
            <para>Une fois selectionnné un concept la carte euristique révèle ses liens avec les
                autres éléments de l'ontologie. </para>
            <para>
                <figure>
                    <title>l'arborescence</title>
                    <mediaobject>
                        <imageobject>
                            <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/ProtegeOntologies/images/protegelecture2.png" align="center" width="400" format="png">
                                <info>
                                    <copyright>
                                        <year>2015-02-25</year>
                                        <holder>Eric Le Jan </holder>
                                    </copyright>
                                    <legalnotice>
                                        <simpara>
                                            <link xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/">Capture mise à disposition selon les termes de la
                                                Licence Creative Commons Attribution - Pas
                                                d’Utilisation Commerciale - Partage dans les mêmes
                                                conditions 4.0 International</link>
                                            <inlinemediaobject>
                                                <imageobject>
                                                    <imagedata fileref="http://mediaserv.climatetmeteo.fr/users/EricLeJan/FluxRSS/images/licence.png" width="40"/>
                                                </imageobject>
                                            </inlinemediaobject>
                                        </simpara>
                                    </legalnotice>
                                </info>
                            </imagedata>
                        </imageobject>
                        <caption>
                            <para>Dans cette situation ce sont les relations entre les concepts qui
                                sont révélées.</para>
                        </caption>
                    </mediaobject>
                </figure>
            </para>
            <para>Il est alors possible de naviguer dans l'Ontologie en cliquant sur les concepts
                dans la carte euristique.</para>
        </sect1>
        <sect1>
            <title>Conclusion :</title>
            <para>Nous espérons que ces quelques captures d'écran vous auront aidé à récupérer le
                logiciel puis à afficher les fichiers OWL sur lesquels l'équipe Tremplin travaille
                en ce moment. </para>
            <para>Ce livret sera complété par des chapitres qui s'attacheront à décrire comment
                travailler sur les ontologies et non pas uniquement sur leur affichage.</para>
            <para>L' adresse mail en entête de ce document vous permet de revenir vers moi si
                nécessaire.</para>
        </sect1>
    </chapter>
</book>